Впервые обучение детей грамоте было начато в хуторе Верхний Попов в землянке. Хутора Нижнего Попова в то время еще не было. В этой школе работал учитель Пётр Климович, здесь же он и жил. Фамилию его история не сохранила. В 1898 году по решению общества было начато строительство здания школы, и в 1899 году она была открыта. Это была первая школа в хуторе, построенная специально, в ней могли учиться все желающие. В этой школе с четырьмя классами работал один учитель, ученикам даже первого класса было порой по 15-16 лет, а то и 17.
Когда учитель стал стар, его сменил Фёдор Антонович Фатеев. Проработав несколько лет, он уехал в Москву. Учителем стал Никита Васильевич Ткаченко.
Школа давала учащимся только самые начальные знания, но другой в хуторе не было. Богатые казаки учили своих детей в станице Усть-Белокалитвинской (ныне город Белая Калитва), от которой хутор расположен в пяти километрах.
В 1909 году под школу было приспособлено ещё одно здание, построенное в 1905 году как жилой дом, но, хотя число учеников и увеличилось, население хутора оставалось, в основном, безграмотным. В 1914 году Н.В.Ткаченко забрали на фронт и вскоре он погиб. С этого времени и до окончания Гражданской войны школа не работала.
С 1921г в восстановленном здании опять стал работать один учитель, с 1932г – два, а, начиная с 1935года, в школе был открыт 5 класс. В 1937году школа стала семилетней. К началу Великой Отечественной войны школа значительно расширилась. К 1941г было уже 9 классов, работало около 20 учителей. В 1941 году большая часть учителей и учеников ушла на фронт. Ушел воевать и Борис Быков, ставший впоследствии Героем Советского Союза. Во время войны, когда хутор был занят немцами, школа была разграблена, уничтожен архив. В здании школы немцы держали пленных красноармейцев. В 1944г школа возобновила работу в двух восстановленных зданиях, учительская располагалась отдельно в третьем небольшом здании.
В 1962году школа стала восьмилетней, в этом же году построено новое здание школы в хуторе Нижний Попов, тогда ещё очень небольшом: более трёх четвертей учеников жило в хуторе Верхний Попов, впрочем, в школе учились и ребята из хуторов Погорелов и Дороговский.В 1962 году в школе учились 126 учеников.
В военные и послевоенные годы директором школы работал М.Г. Сюсюкин, затем его сменил П.И. Мищенко, затем школой руководил Г.С. Пигарев. С 1961 по 1979год директором школы работал А.Г. Казменков. Под его руководством из комплекта сборного щитового общежития в 1962г было построено здание школы, проведено центральное отопление, сделаны пристройки, в том числе спортзал.
В 1981 году в школе был открыт музей, в 1990 г построены водопровод и местная канализация, в 1997г газовая котельная. В 1988г директор школы Лях В.П. был делегатом Всесоюзного съезда работников народного образования в г. Москве, а в 1989г делегатом Учредительного съезда физического общества СССР и Ассоциации учителей физики СССР. В 1990-91 году Лях В.П. был избран председателем общественного Совета по народному образованию при Белокалитвинском Отделе образования.
В 1993 году был принят первый Устав школы, школа тогда называлась неполной средней школой. В 1998г Устав был изменён, и школа стала называться Муниципальное общеобразовательное учреждение Нижнепоповская основная общеобразовательная школа. Школа постоянно развивается, стремясь учесть в своей работе достижения науки, пожелания всех участников образовательного процесса. В 1999 году школа отметила свой 100-летний юбилей, на праздновании в школе и во Дворце культуры присутствовали выпускники школы разных лет, ветераны педагогического труда, руководители района, жители хутора. Людей на праздновании было очень много.
В 1995 году в школе появились первые компьютеры ZX-Spectrum, в 2000 году их сменили компьютеры IBM, подаренные ОАО «Дружба», руководимого тогда И.Н. Дорошенко, и началась информатизация учебно-воспитательного процесса.
В 2004 году в школе введено предпрофильное обучение. Ученики и их родители получили возможность выбирать курсы предпрофильного характера, помогающие осознанно выбрать направление дальнейшего обучения после окончания школы. В 2005 году выпускники впервые получили "Свидетельство об образовательном рейтинге выпускника", в котором были отражены не только учебные, но и другие достижения ребят: спортивные, творческие, участие в кружках и олимпиадах и т.д. В 2006г принята вторая редакция Устава школы. Затем Устав менялся в 2008, 2011, 2012 и 2015 годах.
В 2006 году здание школы было капитально отремонтировано, появились металлопластиковые окна, двери, новые светильники, противопожарная сигнализация, новая мебель, оборудование, асфальт во дворе и многое другое. В 2007 году школа заняла III место на областном конкурсе школьных сайтов. В 2008 году появился сайт "Школа физики" учителя Лях В.П. 16 мая 2008г на этот же учитель (директор школы) занял II место на областном конкурсе электронных приложений к уроку, позже он стал победителем конкурса лучших учителей России в рамках национального проекта "Образование", единственным в 2008г в городе и районе, в октябре 2009 года он получил Диплом II степени за лучший доклад на IX Южно-Российской межрегиональной конференции «ИТО-2009».
В 2008 году принята третья редакция Устава. Школьникам гарантируется уже не только бесплатное пользование библиотекой школы, но и бесплатный доступ в Интернет, оговариваются правила пользования мобильными телефонами и другой техникой. В конце года в кабинетах истории, математики, русского языка, библиотеке, группе продленного нового дня, информатики появились новые компьютеры, связанные в единую сеть с доступом к Интернет. Введение подушевого финансирования российских школ в условиях экономического кризиса привело в малокомплектных школах к существенному снижению оплаты труда учителей, материальных возможностей школы. Впервые за всю историю в 2009г школа не имела средств для текущего ремонта. Постепенно под девизом борьбы с неэффективными расходами были сокращены в школе должности заместителя директора по учебно-воспитательной работе, библиотекаря, старшей вожатой, рабочего по ремонту здания, гардеробщика, дворника, упразднен премиальный фонд, фонд доплат в разы уменьшен. В школе началось освоение свободного программного обеспечения на базе ОС "Линукс", которое в дальнейшем себя не оправдало.
В 2010 году Главой Администрации Белокалитвинского района избран А.П. Овчаров, а Председателем Собрания депутатов района выпускница Нижнепоповской школы В.Г. Сидненкова. В этом году на ремонт школы благодаря районной Администрации выделена внушительная сумма в 250 тыс. рублей, позволившая оборудовать в школе столовую-раздаточную и обеспечить школьников горячим питанием непосредственно в школе благодаря сотрудничеству с городской организацией БКООП под руководством А.В. Максимова. Работать столовая начала с января 2011года. Финансирование школы несколько улучшилось. В ноябре 2011 года директор школы В.П. Лях принят в Союз писателей России, в октябре 2013г награжден медалью им. Николая Гумилёва, в 2014г медалями Ивана Бунина и А.А. Брусилова за литературную деятельность. С этого года начался переход на обучение по ФГОСам, каждый год на обучение по новым стандартам переходит следующий класс.
В начале 2012г все учебные кабинеты школы подключены к Интернет, устаревшие компьютеры заменены на современные, во всех классах установлены сканеры, принтеры, колонки и проекторы. В этом году в здании школы оборудованы санузлы, вокруг территории установлен металлический забор. В декабре 2013г в школу поступил мобильный компьютерный класс на 14 мест.
В апреле 2012г приступил к работе исполняющий обязанности главы администрации поселения Василий Александрович Грицыхин, который побывал в учреждениях, в том числе и в Нижнепоповской школе, в октябре В.А. Грицыхин был избран главой Администрации поселения и наладил со школой тесное взаимодействие.
Из года в год спортсмены школы занимают призовые, а чаще всего первые, места в соревнованиях по видам спорта. В 2015 году команда школы, единственная из основных школ, участвовала в туристическом слете, который после долгого перерыва опять стал проводиться, заняла первое место по футболу, шахматам. Учитель школы Буценко С.А. участвовал также в областном учительском турслете. На 1 сентября 2015г в школе работают 14 квалифицированных педагогов, из них 80% с высшим, остальные со средним специальным образованием. 70% педагогических работников имеют первую квалификационную категорию, остальные прошли аттестацию на соответствие занимаемой должности.
